A Cidade de S. Tomé localiza-se na margem nordeste da ilha de S. Tomé, começou a ser construída em 1485 quando os portugueses liderados por Álvaro Caminha ali se instalaram no intuito de explorar a cultura da cana-de-açúcar.

São Tomé conta-se entre as mais pequenas capitais a nível mundial pela sua dimensão física e populacional. Cerca de um terço da população, 56.000 habitantes vive na capital.
Tal como nos restantes aglomerados, São Tomé conserva muito da arquitectura colonial, com edifícios muito antigos alguns datam do século 16 como se verifica com o forte de São Sebastião, actual museu nacional. O centro da cidade, onde se desenrolam as principais actividades comerciais é composto de pequenas ruelas algumas das quais muito movimentadas durante o dia dificultando a circulação rodoviária.

São Tomé é também uma cidade verde e agradável, sobretudo na sua zona costeira, a baia de Ana Chaves de onde facilmente se observa ao longe no oceano os ilhéus das cabras. As principais artérias encontram-se alinhadas com árvores de sombra conferindo um ambiente agradável a cidade.